我模拟了一个水的体系，想做一个spatial distribution function,用了如下命令。

1 先产生一个index文件，把体系中所有的HW1 OW HW2分别定义成一组

2 g_sdf -f .trr -s .tpr -n .ndx -o .dat -r .gro

可是我发现用上面的命令产生的gro文件中的结构总是不正确，而用动力学完成后得到的gro文件，总是得到许多分子中的一个分子上有SDF 如图2所示。怎样能得到如第一个图所示的SDF呢？请指教。

[ 本帖最后由 wangchunlei 于 2008-9-8 23:16 编辑 ]

你需要查看一下g_sdf.c的源文件。如果我没有记错的话，g_sdf中给出的结构是平均的结果，所以出来的.gro看起来会很奇怪。你修改一下源程序，让它输出一个分子，然后把坐标转化一下就成了。
没有看懂图2是怎么回事。

谢谢指点！

问一句，弄成功了吗？我也想得SDF，但是和你的图一样。谢谢。