大家好。
这几天我看了Honeycutt（J.phys.Chem 1987 91 4950-4963）的文章，然后就想自己写一个键对分析的程序，
但是遇到了一些问题，特向大家请教。
第一个问题是根键对的公共近邻数的判断，原文说的是the number of near-neighbors they have in common，但是我统计FCC的时候就遇到了一点麻烦，我先优化了FCC，计算了pcf，然后进行统计，统计方法就是按作者所说统计和两个根键原子同时成键的所有点，但统计出来的结果中第二个指数为6或者13，很大，而且似乎不太可能（按原文应该全部都是1421，就是说第二个指数只应该是4）
第二个问题是公共近邻原子间成键问题，我不太明白，因为第二个指数为6时我统计出来的公共近邻原子间成键数为11，而第二个指数为13时公共近邻原子间成键数为36，都远大于第二个指数，而山东大学的几篇文献（记不太清楚是哪几篇了）中却说显然第三个指数应该小于第二个指数。
我就有些怀疑，公共近邻数的判断是否是指以构成最小凸多面体为标准的？如果是，应当采取什么算法？或者有没有人有一些相关代码或软件学习学习？
谢谢~

[ 本帖最后由 realasking 于 2008-9-8 09:50 编辑 ]

近邻数就在pcf上第一谷范围内的原子一个一个数就行了，不需要用到最小凸多面体的标准，第三个指数和第一个一样数就行，不过是要与第二指数里的原子取个交集就行

哦，谢谢。
我再试试。
前几天有些事情，
没有能及时来看。