prodrg网站生成的pdb用pdb2gmx力场识别不了残基，哪个大牛教我下怎么改？我的不是蛋白质。ffg53a6力场

prodrg已经生成itp文件了，不需要pdb2gmx了。
不过似乎只能#include "ffgmx.itp"，不知道能不能与别的力场混用。

prodrg已经产生了itp文件，用pdb2gmx识别不了残基很正常，因为rtp里没有:)

那难道用mearial studio直接生成的pdb来让pdb2gmx命令添加立场吗？好象也不认识ms的残基。听说gmx的立场不好。

不是gmx的力场不好，是pdb2gmx这个东东不强大

pdb文件得到太容易了，关键是怎么得到top（itp）文件，pdb2gmx能处理的分子很有限，prodrg得到的力场很有限。

对,prodrg得到的力场很有限

prodrg网站不是可以生成top文件吗，直接用就可以了，不用pdb2gmx来生成top文件，具体步骤见我前面写的那片CTAC计算总结

把相应立场里面的.itp,.rtp,.atp中的内容改一下，不知道可不可以做到识别残基

top或itp比较容易得到，但相应的gro如何得到？

我用DS把128个popc分子的细胞膜和两个肽分子以及若干水分子组合在一个box里，去掉重合的popc原子和水分子，生成一个pdb文件，想用pdb2gmx转化出top和gro，但popc程序不认，只能用prodrg转化后自己组合gro。

组合gro的过程很要命：128个popc，每个popc有54个原子，每个都要手动改分子序号（这个替换128次就行了）和原子序号（这个头疼）。

有没有方便的办法？请高手赐教。

你随便写一个数字序列，ultraedit列处理 粘贴一下就是了。或者 用ultraedit列处理产生这个序列 不可以吗？这个改序号应该很容易的。

列处理？excel的列处理功能我用得很熟，但gro的那些数字信息都挤在一个单元格里，没法用此功能。

ultraedit的列处理没用过，试试再说。

已搞定，ultraedit的列处理还真是牛，多谢版主！