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做离子液体的过程?

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发表于 2009-11-18 10:05:00 | 显示全部楼层 |阅读模式
经过与很多人的讨论,知道了怎么用gromacs做离子液体吸收二氧化碳的大概过程:
1.用ms画出离子液体的结构,保存为pdb格式,然后在gmx中使用pdb2gmx转化成gmx认可的格式
2.建立好盒子后,使用visual c++把CO2的坐标读进去。
3按照gmx格式的力场文件,自己建立力场文件,具体参数来自于OPLS-AA和CHARMM
4.写好top文件,然后include进去
5.按照手册和例子,先能量最小化,然后模拟。
这里想问一句大家,离子液体一般原子很多,难道力场文件真的就只能自己建立?没有自动化的办法生成,蛋白质好歹还可以用PRODRG生成?无机材料就不知道怎么搞了!
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 楼主| 发表于 2009-11-18 18:37:00 | 显示全部楼层
自己顶下!
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发表于 2009-11-18 19:59:00 | 显示全部楼层
你只需要建立一个离子对的力场就可以!
然后在top文件中指出阴离子有多少个,阳离子有多少个!
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发表于 2009-11-19 19:16:00 | 显示全部楼层
经过与很多人的讨论,知道了怎么用gromacs做离子液体吸收二氧化碳的大概过程:
1.用ms画出离子液体的结构,保存为pdb格式,然后在gmx中使用pdb2gmx转化成gmx认可的格式
2.建立好盒子后,使用visual c++把CO2的坐标 ...
zyj19831206 发表于 2009-11-18 10:05


gmx 认pdb 的,只是得指出是pdb,如
editconf -f conf.pdb -o out.pdb -box 3.8 3.8 5[ol]
  • :-)editconf(-:
  • OptionFilenameTypeDescription
  • ------------------------------------------------------------
  • -fconf.groInputStructure file: gro g96 pdb tpr tpb tpa
  • -nindex.ndxInput, Opt.Index file
  • -oout.groOutput, Opt. Structure file: gro g96 pdb
  • -meadmead.pqrOutput, Opt. Coordinate file for MEAD
  • -bfbfact.datInput, Opt.Generic data file[/ol]复制代码
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     楼主| 发表于 2009-11-18 10:05:00 | 显示全部楼层
    谢谢各位网友,看来还是得自己建力场,没有好办法啊,哈哈,毕竟是免费软件,做起来不容易。
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